バッチフラワーの使い方はいたってシンプルです。
自分が選んだレメディを各2滴（レスキューレメディのみ4滴）直接口の中に垂らすか、水または飲み物に入れて飲みます。1日4回以上を目安にお使いください。
医薬品のように「食後30分以内に服用する」などの決まりはありませんから、自分のライフスタイルや好みに合った方法を見つけてください。
※反応には個人差があります。選んだレメディは2，3週間を目安にお使いください。

選んだレメディをストックボトル（市販されている時にレメディが入れられている小さな容器）からスポイトでとり、直接口にたらします。
38種類あるレメディでは2滴、レスキューレメディの場合には4滴飲みます。
衛生上、雑菌が入ったりするのを防ぐために、スポイトの先に舌が触れないように気をつけてください。

レメディは飲み物に入れて飲んでも構いません。
コップの水はもちろんのこと、コーヒー、紅茶、ジュースなど何でも結構です。
直接口にたらす場合と同じく、ストックボトルからスポイトでとって、38種類のレメディは2滴、レスキューレメディは4滴を飲み物に入れて、ゆっくりと飲むようにします。
熱いもの、冷たいもの、カフェインやアルコールの入ったもの。

長期間にわたって使用する時、しばらく同じレメディを使い続けたい時などはトリートメントボトルを作ることもできます。
ただし、トリートメントボトルは使用する材料(水)の違いなどによって、必ずしも原液と同じ効果を保証するものではありません。個人の判断によってご使用下さい。 また、トリートメントボトルを「バッチフラワー」として販売することはできませんのでご注意下さい。

• 30mlのトリートメントボトル（スポイト付き遮光ボトル。バッチフラワーの販売店で取り扱っています）にミネラルウォーターを入れます。
• 選んだレメディ（最多６～7種類まで）を2滴ずつ、レスキューレメディの場合は4滴を①に入れてください。なお、レスキューレメディは1種類としてカウントします。 トリートメントボトルが30mlより大きなサイズの場合には、ミネラルウォーター15mlずつに対して38種類のレメディは1滴、レスキューレメディは2滴を計算して入れるようにします。反対に、内容量が30ml以下の小さなトリートメントボトルを作る場合も38種類のレメディは最低でも2滴、レスキューレメディの場合には4滴は入れるようにしてください。
• 完成したトリートメントボトルから1日4回以上、4滴ずつ飲むようにします。直接口にたらしたり、飲み物や食べ物に入れるなど、自分の続けやすい方法を見つけてください。 もっと飲みたい気分の時や必要性を感じるような時には、より頻繁に飲んでも構いません。
• トリートメントボトルは冷蔵庫で保管して、早めに使い切るようにします。持ち歩く場合には小さなボトルに小分けにしたり、茶さじ1杯以上のブランデー（他の蒸留酒でも可）やビネガーなどを入れて使うなど、中身が傷まないように気をつけてください。
• 感情や精神状態に変化が生じたら、あらためてレメディを選び直すようにします。トリートメントボトルでレメディの種類を加える場合には（ただし、7種類以内）途中で足しても構いませんが、種類を変える場合はもう1度作り直すようにします。

※トリートメントボトルを作り直す時は、必ず洗ってきれいな状態にしてからお使いください。ボトル本体とスポイトのガラス製部分は煮沸消毒をします。鍋に全体がひたるくらいの量の水とともに入れ、10分ほど加熱してください。キャップとスポイトのゴム製部分は、よく洗ってから熱湯を通して消毒します。

意識を失っているなど、飲ませにくい状態の場合には、耳の後ろ、こめかみ、唇、手首の脈の部分などに付けても構いません。
お風呂に使う場合には、ストックボトルから８～１２滴入れます。
トリートメントボトルの中身をスプレー容器に入れて皮膚にスプレーしたり、ガーゼに浸して湿布、または傷口に直接たらして使うことも出来ます。